文献管理:Rmarkdown写作环境下的Endnote使用

使用Rmarkdown写科学论文,自然避免不了管理和使用参考文献,以及文献输出样式。

1 EndNote和流程

目前为止,我的唯一文献工具是EndNote(版本X9)。掐指一算,差不多已经坚持使用了近13年了。多年来攒下的一个文献库.enl里,文献条目多达3500条(多半是存而不读的啦)。

在使用Rmarkdown写文章后,工作流程总是免不了受这个多年的工具牵连。可行的办法如下:

  1. 查找学术文献。利用谷歌学术查找文献,导入EndNote。(google学术设置里拉选一下默认导入工具)

  2. 修改定制EndNote软件。Endnote里一番神设置(具体见后),获得文献条目的BibTex格式。

  3. 集中注意力写文章的地方。Rmarkdown文档.Rmd里写文章,同时新建一个.bib的附带文件。

  4. 管理BibTex文献的地方。把BibTex格式的文献条目,复制到.bib文件里面去。

  5. 管理正文里文献引用显示和以及参考文献的输出样式。与.Rmd并行配置一个.csl文档。关于引用样式语言——Citation Style Language (CSL) ,后面再说。

目前的流程是没有可行的,但是几个问题仍旧存在:

  1. EndNote重度使用的后遗症。一是要手动把EndNote文献条目的BibTeX内容复制到.bib里面去,太费手啦!二是,EndNote文献条目的BibTeX内容中,引用ID需要手动调整,这个也是很费手!

  2. 文献管理存档的主副之争。EndNote文献条目,跟.bib里的文献条目是无法关联的。意味着,要同时管理两个家伙!

  3. 引用样式语言Citation Style Language (CSL) 文档,可能需要定制化修改!

先不说这些血泪控诉的坑吧,下面把基本过程里的小九九暂时给记录下来。

2 配置EndNote软件(Windows系统)

修改定制EndNote软件。具体可以参考攻略

基本步骤大概是: - 下载style模板,导入并保存模板;然后选用此模板 - 修改Preferences : “modify reference types” - 修改display fields: “Custom1”

3 EndNote里编辑条目

编辑文献条目。独立设置ID :BibTeX里编辑。

4 定制输出和显示样式

  1. 准备好输出显示样式。cls样式可以参看样式库

  2. 设置.Rmd文档的yaml参数,示例如下:

# 一级yaml参数

biblio-style: "nnsfc.csl"
csl: "nnsfc.csl"

5 文献引用

直接使用条目的唯一标识。例如:

研究发现,balabalabala[@Birthal2011]。
Hu Huaping
Hu Huaping
PhD on Agricultural Economic and Management

My research interests include Data Science, Statistics, Agricultural Economics and Management.

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