1 安装R软件和第三方编译软件Rstudio
2 用R进行编程统计分析
3 用R进行绘图（图形可视化）：
4 用R来写文章
5 project版本控制和团队协作
6 几点忠告
R语言及Rmarkdown语言快速上手参考资料。
说明：
本文档中提到的图书pdf文件可以通过百度云下载（下载地址：https://pan.baidu.com/s/1ZRuVSf2Jv_u3C_XmAUingA）。
下载地址永久有效！如有问题请反馈wsad2008@gmail.com。
材料仅供学习交流使用，请尊重原作者的版权！祝大家开心学习，学有所成！
1 安装R软件和第三方编译软件Rstudio
（开源软件，免费公开，自行安装）
R CRAN主站下载安装R程序(根据自己的电脑操作系统选择)。网址https://cran.r-project.org/
Rstudio主站下载安装Rstudio软件。网址https://www.rstudio.com/
2 用R进行编程统计分析
Adler, J. R in a Nutshell (2ed) [M], Reilly, 2012.这是R语言学习的红宝书之一，手中常备，随时翻阅。建议要通览一遍，并对照实例运行代码。
Crawley, M. J. The R Book (2nd) [M], Wiley, 2013. 这是R语言学习的红宝书之二。两本红宝书写作风格不同，自己挑一本就行。
Wickham, H. and G. Grolemund. R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data [M], O’Reilly Media, 2017.
如何把Xaringan 演示Slides以静态网页（static webpage）形式载入个人网站。
主要参考资料和实现办法
Yihui Xie的blogdown中2.7 Static files
带操作过程Embed Slides in Your Blog
带各种探索尝试的Xaringan presentations with blogdown
以上都有比较系统的说明，可以直接参照。
需求和问题列表
静态网页方式损失了效率。静态网页，正如其名，只能相对“固定”地加载封装好的.html文件或.pdf文件之类。显然，交互性和动态性就暂时难以获得。因为我们写作Slide是在另一个repo文件夹下（repo如course-econometrics文件夹下，并使用Xaringan包），然后确认没问题后才能把渲染好的.html形式的Slide文件（一般是如02-simple-reg-basic-slide.html）拷贝到网站repo文件夹指定目录下（repo如netlify，特定目录为\netlify\static\slides-course）。同时，如果html文件不是完全自容的(self-container)，那你还必须把使用到的图片数据等文件夹也一同拷贝过去（这就非常糟糕了！因为你的slide制作可能会经常变动或更新）。那么要如何自动关联Xaringan（实现slide）和blogdown（实现website）呢？
当然动态性和关联性也是有成本的。如果Xaring里的文件需要渲染很久（比如ggplot作图很多，数据分析很多），那么blogsite会负担比较大。
知识版权的保护问题。slide上传到website后，文字和图片等都可以任意拷贝下载。对于开源项目，这完全没毛病。但是，对于一些重视原创知识保护的人，这就是很大的“命门”了。
“计量经济学”形式的数学公式
本科生课程《计量经济学》会大量使用各类公式。这些公式大概有两类：
理论公式：这些数学公式的呈现基本上用不到数据报告的结果。在Rmarkdown文档中处理办法相对简单，直接使用LaTex形式代码输入即可。
报告公式：这些数学公式的呈现，跟某些数据分析报告紧密联系。此时，手工输入LaTex将会变得很不现实！一个系统性的解决思路是，利用Rmardown chunk 自己编写代码块。前边分析步骤负责出数据报告结果，后面Chunk里公式创造时直接调用数据报告的各类数值。
所以，如果一切顺利，“计量经济学”课程的大量报告公式，都可以自动地使用R函数调用实现，可谓一本万利，合算得很！
代码实现过程中的各种“梗”
实现思路倒是很清晰，Rmarkdown下的操作也是可行的。下面就是需要撸起袖子加油干，找到“聪明”的实现办法，破除各种“梗”！
格式选择真是一个大问题：关于pdf、html、word输出形式
选择Rmarkdown的一个很重要理由，就是它可以实现一份文档种格式输出。这个“理想”确实比较宏大。在数学公式领域，起码就有这几个问题：
数学公式友好度差别较大。word比较另类，数学公式支持是最糟糕的；Latex（pdf）下是最灵活的。html则最通用。所以，复杂的公式，在latex（pdf）下OK，放到word里可能就吃不消了。
package实现各不相同。如果写书，最好就是用bookdown包；如果做演示slide可以用Xaringan包；写网站文章，可以用blogdown。对于数学公式而言，最需要注意是：是否需要交叉引用（cross reference）公式。基本就是两种情形：写slide和blog默认是不交叉应用公式的；写book则必然需要的。
数学公式的排版（alignment）
这个部分折腾我很久。因为主要使用Latex语法形式来编写R chunk代码。所以必须要熟悉Latex math equation的公式环境（environment）。
独立公式环境：
\begin{equation} ... \end{equation}
\begin{align} ... \end{align}
\begin{aligned} ... \end{aligned}
\begin{alignedat}{3} ... \end{alignedat}
组合公式环境：
cat(
"\\begin{equation}",
"\\begin{alignedat}{999}",
"&\\widehat{Y}=&&+17.81&&+0.62X\\\\",
"&\\text{(t)}&&(1.9238)&&(11.9968)\\\\",
"&\\text{(se)}&&(9.2556)&&(0.0516)\\\\",
"&\\text{(fitness)}&& n=10;&& R^2=0.9473;&& \\bar{R^2}=0.9408\\\\",
"& && F^{\\ast}=143.92;&& p=0.0000",
"\\end{alignedat}",
"\\end{equation}")
\[\begin{equation} \begin{alignedat}{999} &\widehat{Y}=&&+17.81&&+0.62X\\ &\text{(t)}&&(1.9238)&&(11.9968)\\ &\text{(se)}&&(9.
利用xaringan来设计课程slide。
现在对（本科）教学工作的要求，已经发生了很大的改变：教学的内容变得更加专业化和细分化（学生就业市场的倒逼）；教学过程/流程需要标准化（一切变得透明公开）；教学活动应该能够便于复制并规模化运行（课程最好能以公开课/慕课方式运作）；个性化教学和灵活性调整被反复强调（对学生多元考核、“一人一套试卷”）；其他方面。
教师在讲台上的台前“艺术化”魅力（仪态、表情、音色等）已经不再如曾经那么重要；教师在台后的“技术性”设计（内容、互动、展示等）上升到了无与伦比的地位。
尤其是对于哪些技术性课程，如计量经济学（Econometrics）和统计学（Statistics），“技术性”设计必须要赶上这些教学新要求的呼声。（当你发现一位大学教师还在“坚持”使用Office2007，你一点都不要惊讶——经管现在已经是2019年了。）
为什么要逃离PowerPoint，拥抱HTML形式的slide？
PowerPoint的“断、舍、离”：
office版本太过分散，ppt可能会上演各种“变形记”。（现在国内有很多学生，已经不能区分WPS和Office了。学生的毕业论文或作业提交，那酸爽，真是谁看谁知道。）
ppt维护和更新的各种“梗”。最让我纠结的就是mathtype公式，神一般地会一夜之间“变砖”（倒腾几下，公式变图片，或者干脆显示不了），更不要说公式的重复使用和编辑修改。如果使用一些新技巧、新字体，那一定会让你记住“凡走过的都是一个一个的巨坑”。
难以逾越数据、图形和模型分析的“天堑”。表格数据加总等分析基本等于不可能（事实上也可以关联excel，但是“关联越多，等价于羁绊越多”！）；数据图形化，你只能老老实实拷贝统计软件里的做好的图吧（泪奔！）；建模分析结果的调用，就更别提了（反复在多个软件窗口中切换和敲键盘，眼花缭乱的“骚操作”不说，最担心的还是手一抖怕敲错了结果啊！）。
HTML形式slide的“前世今生”：
一个浏览器就够了。HTML是互联网世界最广泛使用的交流形式。每台电脑都会安装浏览器（chrome、firefox、IE…），但不是都会安装Microsoft office全家桶（365家庭版那可是每年500RMB啊，心疼一下下！）。
一份文本多种输出形态的终极需求。就像KTV里嗨唱切歌，老师们常常要在word、pdf、html、ppt、png等格式中不断切换啊。一个逗号或减号，在word里改了，那还得改ppt啊，就问你蛋疼不蛋疼。所以，仅维护一份文本，随时获得各种输出（html、word、ppt、slide…）简直就是人类共同的梦想啊。
“纯文本”就是你的最底层“话语”。一切的文字、代码、图形、格式、排版…，统统汇集于一份“纯文本”中！Plain Text，正如其名，平铺直叙，朴素而不简单，包含了你所需的一切，你想说和想呈现的一切。
Xaringan的优势和不足
Xaringan的优势：
R语言和RMarkdown的应用就是它最大的优势。这赋予了教学准备工作更强的“生产力”：代码可重复利用、统计处理和分析报告完美整合。
Xaringan Slide可以高度灵活的定制化。本质上形式的呈现，完全依赖于CSS技术，这与PowerPoint中的模板使用是完全不同的体验，效率上完全秒掉后者。
Xaringan Slide可以完美转成pdf格式的slide。其实直接用Chrome浏览器打开HTML Slide不就完了嘛，这种格式转换的操作本来就是多此一举！总之，你说，世界需要pdf；于是Xaringan便说，给你pdf！
与GitHub版本控制技术融合。我想说的是，这是一种全新的师生交互和反馈机制！
Xaringan的不足：
对行内公式支持不是很友好。比如$\beta$必须要保持独立一行！一段话要是有很多这样的inline equation，那么xaringan::moon_reader 文档就显得很破碎了。
风格调整CSS技术的学习还是有一定成本的。换言之，制作一份自己喜欢的“专属”模板，还需要花费一些时间。
强迫症的一些小细节。使用knitr::kable()制表，转pdf时表格无法显示，替代办法就是用DT::datatable()的表格风格，而它往往不是真正的Table风格！另外，就是windows环境下，不支持Rstudio面板Viewer中预览slide，只能在浏览器中预览。
Xaringan使用中需要注意的几个细节
选用一个好的模板：
比如我使用的杜克大学模板：Slide Template for Duke University。
初学者最好先不要删除模板的内容，里面的示例说明可以很好地参考。
Xaringan支持“实时”预览了：
赶紧去看Yihui的blog，The Ultimate Infinite Moon Reader for xaringan Slides。赶快安装更新包：
remotes::install_github('yihui/xaringan', upgrade = TRUE)
而且是Windows用户的又一个福音啊。前面刚说Rstudio里不能Viewer预览，但是更新Xaringan包后发现Chrome浏览器竟然可以“实时”同步预览了！yoo！
定制自己的字体大小：
1 在Rstudio中创建blogdown site
2 利用git工具来管理github仓库
3 在netlify上关联github仓库并建站
4 额外的问题
4.1 config.toml配置
4.2 版本控制（github repo）下添加忽略文件
4.3 用addin插件更新内容
4.4 让博客文章(post)有目录、节编号、脚注
4.5 post文章里插入图片
“三剑”合璧持续性打造个人网站(blogdown; github; netlify)
1 在Rstudio中创建blogdown site
blogdown的设置比较简单，教程里基本也说得清楚。具体操作时，还是需要注意以下几个要点：
选取中意的网站模板，比如学术型模板
# for example, create a new site with the academic theme
blogdown::new_site(theme = "gcushen/hugo-academic")
这个模板还内部支持数学公式显示！需要在Rmarkdown文档的yaml区域里设置
math: true
设置全局选项（global options）。
一个是设置默认的“作者”和“文件格式”。需要在工作目录下新建一个.Rprofile文件：
file.edit('.Rprofile')
文件里面的内容配置为:
options(blogdown.ext = ".Rmd", blogdown.author = "huhuaping")
另外就是要配置工作文件下的config.toml文件，主要就是修改网站的名字：
# Title of your site
title = "Huhuaping"
最后要记得装载hugo，最重要得是弄清楚hugo_version（后面netlify建站时需要配置环境变量hugo_version，否则会报错255，二者应该要一致，且有最低版本要求）。在Rstudio里判明版本号的办法是：
# 安装hugo
install_hugo()
# 判明版本号
blogdown::hugo_version()
2 利用git工具来管理github仓库
git版本控制工具，还是需要学会的。这里就列出一个很好的参考学习资源吧——git book(多国语言版)